[ ] ماده ۱
رسیدگی به جرائم مربوط به وظایف خاص نظامی وانتظامی اعضاء نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران «ارتش، سپاه، ژاندارمری، شهربانی، پلیس قضایی، کمیته‌های انقلاب اسلامی و هر نیروی مسلح قانونی دیگر» بر طبق مواد این قانون در صلاحیت دادگاه‌های خاص نظامی است.
تبصره ۱: منظور از جرائم مربوط به وظایف خاص نظامی وانتظامی بزه‌هایی است که اعضای نیروهای مسلح در ارتباط با وظایف و مسئولیت‌های نظامی و انتظامی که طبق قانون و مقررات به عهده آنان است مرتکب گردند.
تبصره ۲: جرائمی که در مقام ضابط دادگستری مرتکب شده باشند در محاکم عمومی رسیدگی می‌شود.

[ ] ماده ۲
دادگاه‌های نظامی به دادگاه‌های نظامی یک و دادگاه‌های نظامی دو تقسیم می‌شوند.

[ ] ماده ۳
کیفیت تشکیل و صلاحیت دادگاه‌های نظامی ۱ و ۲ و موارد لزوم ارسال پرونده به دیوان عالی کشور مانند کیفیت تشکیل و صلاحیت محاکم کیفری یک و کیفری دو می‌باشد.

[ ] ماده ۴
اولویت در تصدی سمت‌های قضایی در دادگاه‌ها و دادسراهای نظامی با حقوقدانان نظامی واجد شرایط است.

[ ] ماده ۵
هر گاه رئیس یا عضو علی‌البدل نسبت به مواردی از رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح یا رئیس سازمان قضایی حوزه‌ی مربوطه درخواست مشاور کند، رئیس مکلف به اعزام مشاور است. در این صورت قبل از اتخاذ تصمیم دادگاه، مشاور مکلف است پرونده را دقیقاً مطالعه و بررسی نموده و نظر مشروح و مستدل خود را در اسرع وقت کتبا اعلام نماید.

[ ] ماده ۶
در مراکز شهرستان‌ها، سازمان قضایی نیروهای مسلح استان مرکز از دادگاه و دادسرای نظامی و در شهرستان‌های مورد نیاز ناحیه دادسرای نظامی تشکیل می‌شود. تصویب تشکیلات مزبور و تعیین تعداد شعب دادسرا و دادگاه به عهده رئیس قوه قضائیه می‌باشد.
تبصره: رئیس شعبه اول دادگاه نظامی یک هر استان به عنوان رئیس سازمان قضایی استان بر کلیه شعب دادگاه و دادسرای استان نظارت و ریاست اداری خواهد داشت.

[ ] ماده ۷
متهم به ارتکاب چندین جرم از انواع مختلف جرائم خاص نظامی و انتظامی در دادگاهی محاکمه می‌شود که صلاحیت رسیدگی به جرمی را دارد که مجازات آن اشد است.

[ ] ماده ۸
در استان‌هایی که تراکم پرونده در حد تشکیل سازمان قضایی نیست با پیشنهاد رئیس سازمان قضایی و تصویب رئیس قوه قضائیه، دادگاه نظامی دو مستقل با اختیارات همانند دادگاه حقوقی دو مستقل در امور کیفری تشکیل می‌شود.

[ ] ماده ۹
نیروهای نظامی و انتظامی بنا به پیشنهاد رئیس سازمان قضایی مکلف به انتقال یا ماموریت حقوقدانان نظامی و پرسنل مورد لزوم به این سازمان هستند.

[ ] ماده ۱۰
رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح که ریاست شعبه یک دادگاه نظامی یک مرکز را نیز به عهده دارد، حق بازرسی و نظارت بر دادگاه‌ها و دادسراهای نظامی سراسر کشور را داشته و عنداللزوم می تواند به تعداد کافی معاون داشته باشد.
تبصره: رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح می‌تواند در موارد ضروری با موافقت قاضی رسیدگی‌کننده در دادسرا یا دادگاه مربوطه پرونده را از شعبه‌ی رسیدگی‌کننده به یکی از شعب مشابه در استان دیگر احاله نماید.

[ ] ماده ۱۱
اختیارات و وظایف دادستان و بازرس و دادیار دادسراهای نظامی با رعایت مقررات این قانون همان اختیارات و وظایفی است که در قانون آئین دادرسی کیفری برای دادستان و بازرس و دادیار دادسرای عمومی تعیین شده است و آئین رسیدگی به ترتیب مقرر در قانون مزبور خواهد بود.

[ ] ماده ۱۲
کلیه قوانینی که با این قانون مغایرت دارد، ملغی است.

[ ] ماده واحده
در اجرای اصل یکصد و هفتاد و دوم قانون اساسی جمهوری اسلامی و کلیه دادسراها و دادگاه‌های نظامی مستقر در سراسر کشور از ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی ایران جدا و به وزارت دادگستری ملحق می‌گردد.
تبصره ۱: رئیس سازمان قضائی ارتش از طرف شورای عالی قضائی تعیین و به این سمت منصوب می‌شود.
تبصره ۲: عزل و نصب و تغییر محل ار قضات ارتش با پیشنهاد رئیس سازمان قضائی ارتش و به استناد بند ۳ اصل یکصد و پنجاه و هفتم قانون اساسی با شورای عالی قضائی است.
تبصره ۳: بودجه‌ی سازمان همه ساله در بودجه کل کشور در ردیف مستقل ذیل ردیف دادگستری منظور خواهد شد.
تبصره ۴: کلیه‌ی دارایی‌ها و اموال منقول و غیرمنقول مربوط به مراجع قضایی سابق نیروهای مسلح (اداره دادرسی ارتش، دادستانی انقلاب اسلامی ارتش، دادستانی عمومی و انقلاب پاسداران) همراه با اعتبارات مربوطه از ارتش و سپاه و سایر نیروها منتزع و به این سازمان منتقل می‌شود.
تبصره ۵: کارمندان غیرنظامی سازمان قضائی ارتش کماکان تابع قانون استخدام کشوری خواهند بود .
تبصره ۶: از این پس سازمان قضائی فوق مسئول رسیدگی به جرائم نظامی و انتظامی همه نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران، ارتش، شهربانی، ژاندارمری، سپاه، پلیس قضائی، بسیج، کمیته‌های انقلاب اسلامی و هر نیروی مسلح قانونی دیگر می‌باشد.
تبصره ۷: تشکیلات اداری سازمان توسط وزیر دادگستری و رئیس سازمان امور اداری و استخدامی و رئیس سازمان قضایی تهیه و به تصویب ریاست قوه قضائیه خواهد رسید.
تبصره ۸: از تاریخ ابلاغ و تصویب آئین‌نامه مربوط به این قانون هیچ مرجع قضائی در نیروهای مسلح جز در رابطه با این سازمان رسمیت نخواهد داشت.
تبصره ۹: از تاریخ تصویب این قانون نام سازمان قضائی ارتش به سازمان قضائی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران تغییر می یابد.